1.費氏弧菌發(fā)光桿菌鑒定的方法和步驟是什么？
菌種鑒定一般就只要提取基因組DNA，然后PCR擴增16srDNA上GeneBank或者Eztaxon對比即可。一般序列相似度在97%以上就可以認為是同種細菌（當然也有例外，DNA序列僅僅是一個參考指標）。
2. 微生物的菌種鑒定可以鑒定到“株”一級嗎？
如果你的菌株是自然界中分離得到，就只能鑒定到種，不能鑒定到株，因為多多少少和其他株系的細菌有區(qū)別，即便你做了一些特征的鑒定，發(fā)現(xiàn)和某一株細菌一模一樣，你也沒有理由說你的細菌就是那一株細菌，因為你不可能把所有的特征都做完，株和株之間的關系就相當于不同的人之間的關系，世界上不可能有*相同的兩個人。除非你知道你的細菌本來就是某一株細菌擴增出來的（而且要保證沒有變異，否則就是一個新株），可是這樣就沒必要鑒定了。
3．為什么鑒定出來的菌種跟我想象的相差太大？
答：我們菌種鑒定使用PCR直接擴增的方法，即以客戶提供的菌株為模版直接進行PCR擴增，中間不經過傳代培養(yǎng)，因此不會引入新的污染，如果出現(xiàn)結果不一致的情況，一般有以下原因導致：
1、您提供的樣品未經過三次分離純化，含有其他雜菌；
2、您提供樣品的情況確認如此。
建議您提供三次純化的菌株重新進行鑒定。
4．為什么有時會出現(xiàn)PCR擴增不出的現(xiàn)象；
答：擴增不出的原因主要有以下幾種：
1、您提供的菌種從嚴格意義上講不是細菌或者真菌，或者是信息有誤；
2、您提供的菌種為革蘭氏陽性菌，由于細胞壁較厚，采用常規(guī)方法不能有效地破壁；
3、培養(yǎng)基或菌體中表達產物含有抑制PCR產物的組份。對于第二種或第三種情況需要提供基因組DNA。
5．PCR擴增直接測序為什么會出現(xiàn)套峰的現(xiàn)象；
答：1、測序結果個別堿基出現(xiàn)N，是由細菌rDNA多態(tài)性造成，對菌種鑒定沒有無影響；
2、所有測序反應均出現(xiàn)大面積套峰，是由于您提供的樣品模版不純造成的。
費氏弧菌發(fā)光桿菌這種情況需要重新純化菌種。
6．PCR產物克隆測序為什么會出現(xiàn)結果分離的現(xiàn)象？
答：我們以菌種為模版直接進行PCR擴增，然后對PCR產物進行克隆測序，如果出現(xiàn)2種或以上的測序結果，說明您提供的模版不單一，即菌種不純，含有其他雜菌，這種情況建議您將菌種重新進行三次以上純化。
7．菌種鑒定可以鑒定到種嗎？
答：利用rRNA的保守區(qū)域進行鑒定只是菌種鑒定的一個分子生物學指標，通過鑒定結果可以了解未知菌株和NCBI公布序列的哪個種屬比較接近。如果費氏弧菌發(fā)光桿菌鑒定至種，還需要DNA雜交、基因組GC含量、生理生化指標等來綜合判斷。
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費氏弧菌發(fā)光桿菌
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