ChIP的一般流程：
甲醛處理細胞---收集細胞，超聲破碎---加入目的蛋白的抗體，與靶蛋白-DNA復合物相互結合---加入ProteinA，結合抗體-靶蛋白-DNA復合物，并沉淀---對沉淀下來的復合物進行清洗，除去一些非特異性結合---洗脫，得到富集的靶蛋白-DNA復合物---解交聯，純化富集的DNA-片斷---PCR分析。
在PCR分析這一塊，比較傳統的做法是半定量-PCR。但是現在隨著熒光定量PCR的普及，大家也越來越傾向于Q-PCR了。此外還有一些由ChIP衍生出來的方法。例如RIP（其實就是用ChIP的方法研究細胞內蛋白與RNA的相互結合，具體方法和ChIP差不多，只是實驗過程中要注意防止RNase，zui后分析的時候需要先將RNA逆轉錄成為cDNA）；還有ChIP-chip（其實就是ChIP富集得到的DNA-片段，拿去做芯片分析，做法在ChIP的基礎上有所改變，不同的公司有不同的做法，要根據公司的要求來準備樣品）。細胞
第二天：
（一）、免疫復合物的沉淀及清洗。
12、孵育過后，每管中加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。4oC顛轉2h。
13、4oC靜置10min后，700rpm離心1min。除去上清。
14、依次用下列溶液清洗沉淀復合物。清洗的步驟：加入溶液，在4oC顛轉10min，4oC靜置10min沉淀，700rpm離心1min，除去上清。
洗滌溶液：a.low salt wash buffer-one wash
b.highsalt wash buffer-one wash
c.LiCl wash buffer-one wash
d.TE buffer-two wash
15、清洗完畢后，開始洗脫。洗脫液的配方：100ul10%SDS，100ul1MNaHCO3，800ulddH2O，共1ml。
每管加入250ul洗脫buffer，室溫下顛轉15min，靜置離心后，收集上清。重復洗滌一次。zui終的洗脫液為每管500ul。細胞
16、解交聯：每管中加入20ul 5M NaCl（NaCl終濃度為0.2M）。
混勻，65oC解交聯過。
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